4 de junio de 1910.- Comienza en Valladolid la primera rebelión contra la dictadura de Porfirio Díaz. Mil 800 mayas se levantan y ajustician al jefe político de la región y al comandante de policía. La guardia nacional proveniente de Mérida al mando del coronel Ignacio A Lara, dos batallones de Veracruz y fuerzas del gral. Bravo avanzan hacia Valladolid desde Santa Cruz entre el 5 y 7 de junio. Será hasta el 25 de junio que logran recuperar la plaza y fusilan a los líderes del movimiento; algunos de ellos logran refugiarse entre los mayas rebeldes de Noj Kaaj Chunpóm.
10 de junio de 1901.- El gobernador de Yucatán Francisco Cantón promulga un decreto para repoblar la zona oriental de Yucatán y cambia el nombre de Santa Cruz por el de Santa Cruz de Bravo, y el de Bacalar por el de Bacalar de Cetina con el objeto de tributar un homenaje a los que llevaron a cabo la “reconquista patriótica” de estos lugares que estaban en manos de los mayas rebeldes. Ignacio A. Bravo había iniciado una implacable persecución contra los indígenas. Entre los que sobrevivieron a la persecución surgieron nuevos caudillos como Dolores Cituk, Juan Bautista Vega, Guadalupe Tun y Silvestre May. Santa Cruz ya no volvió a recuperarse como capital y santuario maya. Una epidemia de viruela y desavenencias entre los caudillos condujeron a la división de los rebeldes en dos grupos. El primero, el del norte, con cabecera en el pueblo de Chunpom, al mando de Juan Bautista Vega, y el segundo, el del centro, con cabecera en Yokdzonot Guardia, al mando de Francisco May, en donde se preservó con mayor rigor el culto a la Cruz Parlante.
10 de Junio de 1913.- Venustiano Carranza decreta la desaparición del territorio federal de Quintana Roo y ordena su anexión a Yucatán. Será hasta el 26 de junio de 1915 cuando deroga Carranza dicho decreto y restablece el territorio.
Entre el 14 y el 18 de junio de 1915.- El general constitucionalista Salvador Alvarado devuelve Santa Cruz a los mayas que eran representados por Lupe Tun y Sil May. Evacua tropas y civiles trasladando la capital del territorio a Payo Obispo. El administrador de la aduana, Pedro Gazca se encarga de la desocupación de Santa Cruz y de Vigía Chico. Los mayas destruyeron luego todo lo que dejaron las tropas federales en su antiguo santuario: vías del tren, líneas de telégrafo, mercado, depósito de agua y cuartel. No volverían a pisar el templo majestuoso de Balam Naj. En agosto de ese mismo año se desata una epidemia de viruela que diezma a la población maya, en ella mueren los generales mayas Cauich, Tun y May. En enero de 1916 asume el liderazgo el sargento Francisco May, hijastro del general Felipe Yama.